1992年5月19日，国家教委发出《关于同意建立扬州大学的通知》。《通知》指出：“扬州大学的建立，是一项具有开创性的工作，是我国高等教育发展中的一件大事，对于探索创办具有我国特色的社会主义多科性综合大学有着重要意义”。

学校全面深化内部管理体制改革，按照学科群重组二级学院，实现人、财、物的统一领导、统一规划和统一管理，促进学科交叉融合、相互渗透，推动工作重心战略转移，构建起综合性大学的基本框架。

跨入新世纪，学校围绕建设“高水平教学研究型地方综合性大学”的奋斗目标，进一步深化改革，加强内涵建设，提高教育质量，推进各学科协调发展、特色发展，推动学校由“规模大校”向“内涵强校”、由“改革名校”向“质量名校”转变。